La Ciudad de la Música de Pamplona cuenta con varios órganos para uso compartido del Conservatorio Profesional "Pablo Sarasate" y del Conservatorio Superior de Música de Navarra.
En el aula Miguel Echeveste del edificio del Conservatorio Superior está el órgano desde el que se vienen impartiendo las clases desde 1993. Se trata de un instrumento de dos teclados y pedal, dotado de 18 registros con planteamiento sonoro netamente barroco. Su disposición sonora fue diseñada por los entonces profesores Jesús Martín Moro y José Ignacio Martínez Zabaleta. Fue construido por José Antonio Pérez de Añaños en Berdún en 1992-93, y rearmonizado completamente en 2012 por Rubén Pérez Iracheta, con ocasión de su traslado a la nueva sede de la Ciudad de la Música, en un espacio más amplio y acústicamente agradecido.
También utilizamos un pequeño órgano positivo construido en 1982 por Gerard de Graaf en La Almunia de Doña Godina. Tiene un solo teclado manual con 6 registros partidos, y un pedalero de 30 notas acoplado, sin registros propios, simplemente con función de estudio.
La Ciudad de la Música dispone también de un órgano de baúl transportable, que es usado principalmente en la asignatura de música de cámara como instrumento de bajo continuo o parte concertante. Fue construido en Alemania. El autor y la fecha nos son desconocidos, pero puede datarse hacia los años 1960-70. Es un instrumento de calidad, sólidamente construido, con buena tubería y amplia sonoridad.
